當前，我國水資源開發利用尚未完全建立起統一的管理體制，地區或部門各自為政，"多龍管水"，矛盾叢生，既浪費瞭水資源，又對社會經濟和生態造成不應有的損害。例如，許多瀕臨江河的城市有利用江河作為水源的便利條件，卻由於引水凈水工程造價高而大量開發利用地下水，造成城市漏鬥；而農田灌溉以往著重於地表水灌溉系統的建設和管理，忽視地下水開發利用，認為打井是群眾自己的事，於是靠近河流的地方大量引用河水，地處河道下遊和遠離河道的地方不得不千方百計開發利用地下水，造成河水灌區土地次生鹽堿化和漬澇災害長期得不到解決，而下遊地區因地下水超采，水源難以為繼。
地表水和地下水要統一管理運用，尤其要對地下水開發利用的管理給予特別重視。理由如下：
第一，地下水是重要的水資源，特別是在北方地區，其數量占當地水資源總量的48％，目前全國已開發利用近1000億立方米。第四，開發利用地下水是解決北方河水灌區土壤鹽堿化和漬澇災害的有效途徑。地表水和地下水統一管理運用中的基本問題是水資源的定額分配。目前，我國城市和工業各部門的用水定額都有統計資料作依據。而農田灌溉定額則由於各地氣候條件、種植作物種類、水源和工程設施狀況以及管理水平等不同相差懸殊，甚至對農田灌溉用水應當發揮哪些作用也缺乏統一認識，所以農田灌溉用水定額是當前值得特別研究的一個問題。農田灌溉排水工程的直接目標是調節耕地土壤水分，為農作物生長建立良好環境。然而，灌溉排水措施不可避免地會對工程設施控制區內的非耕地水分狀況產生影響，因此從生態環境角度來說，農田灌溉用水，必須同時兼顧耕地和非耕地的用水。50多年來，我國各地對主要農作物生育期的需水量進行瞭長期的試驗研究，依據這些資料可以很容易計算耕地的耗水量。據調查分析，非耕地的耗水量平均約為耕地耗水量的0．6倍。
農田灌溉用水主要是補充當地降水對農作物需水的不足，所以，農田灌溉用水與降水量密切相關。雨水降落地面，隻有轉化為土壤水的部分可為農作物利用，而開發地下水灌溉則不僅使土壤水和地下水得到利用，而且大部分地表徑流也可滲入地下最終被利用。當然，各地具體使用方式也不一樣。根據觀測資料，海河平原開發地下水灌溉，充分利用降雨補充地下水，每年尚有欠缺，所以一般年份農田無須排水，應利用一切可能的措施攔蓄地表徑流，補充地下水。黃淮平原自黃河沿岸到淮河之濱，開發地下水灌溉基本不缺水，南部地區雨量且有富餘，種植旱作物時應註意排水，可利用部分地下水種水稻，以適應雨水較多的氣候條件。西北幹旱地區雨水稀少，不灌溉就不能從事農業生產，這類地區引河川徑流灌溉須兼顧耕地和非耕地的正常耗水，而且河水都溶有一定量的鹽分，為保持灌區鹽分平衡，須排出一定數量的高礦化水，這些因素在水資源定額分配中應加以考慮。
水資源的定額分配要根據用水部門的性質和水資源的特點進行佈局，對現行水資源配置格局不夠合理的地方要進行調整。城市生活用水和工業用水對水質要求較高，雖可開發地下水作為水源地，但由於用水量大、開采集中，開采強度超過當地水源補給能力，常形成地下水位區域下降漏鬥，引起一系列破壞性後果。所以，城市和工業用水應當以地表水（河道基流和經過水庫調節的地表水）為主，地下水主要作為備用水源，二者結合利用。農田灌溉用水是季節性的，且灌溉地塊對水質要求不高，多數水源都能利用。因此，農田灌溉首先應考慮充分利用當地降水和地下水，以及經過適當處理的城市污水和工業廢水。在水資源不足以分配的條件下，優質的地表水應優先照顧城市生活和工業用水。農業節水有多種辦法，節水潛力較大，當可利用的水源不足時，還可采取非充分灌溉技術，來減少用水量。
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